pipeline-tricks

质控pipeline技巧

数据下载

使用obstuil，下载代码位于hic博客中。

生成sample_sheet.csv

通过使用python脚本

/data2/kunpeng/ATAC/atac_work/ATAC13/make_samplesheet.py和

/data2/kunpeng/CUT/CUT_script/make_samplesheet.py

用法示例

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python /data2/kunpeng/CUT/CUT_script/make_samplesheet.py /data2/kunpeng/CUT/data/CUT12+13_broad/add samplesheet.csv

结果tsv排序

使用本地rust脚本my_csv。

从表格中复制样本名称，粘贴进order.txt里；把qc_metrics.tsv放入my_csv文件夹。运行：

注意：atac样本名是_REP，cut样本名是_R，要手动修改一下replace里面的内容。

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cargo run -- -r qc_metrics.tsv

上传数据

在华为云买了一个月100G的储存，数据下载好像要花流量钱，今天约15G要7块钱。

obsutil配置

教程在通过obsutil命令行工具快速使用OBS_快速入门_对象存储服务 OBS-华为云，也可以靠gpt

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./obsutil config -i=HPUA1WYH1KTJYV8GGKBF -k=Mr7XPxXLFVOQOSzgVjrB6aJxhzN6snVgzurd3Xv2 -e=https://obs.cn-east-3.myhuaweicloud.com

#建立bucket，这里不能有大写字母和_
./obsutil mb obs://atac-bigwig -location=cn-east-3
./obsutil mb obs://cut-bigwig -location=cn-east-3

#传文件夹示例 -r传文件夹 -f不需要询问
./obsutil cp -r -f /data2/kunpeng/CUT/CUT_work/CUT13/results/report/bigwig obs://cut-bigwig/cut/cut13 

#之后在https://console.huaweicloud.com/obs/?region=af-south-1#/obs/manage/atac-bigwig/object/list?region=cn-east-3，找到对应文件夹并生成分享链接