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2026-3-15

我认为学习是需要复习的。
至今为止读过的文献已经很多了，但是自己从未将它们整理。
以至于几天之后这些文献就在脑海中消失，仿佛自己从未读过。

很多课程，上了却不去整理，等于白上。课后自己花的时间才是关键，想要课后的努力能够覆盖复习，思考，整理，必须投入足够的时间才行。

基于上述原因，从今天开始进行文献的整理，把阅读文献的记忆记录到博客上去。

关于AI的使用，如果博客的内容是由AI生成的，那么自己大概率是不会愿意花时间去看的，尽可能地自己写。

一件事一件事去做，把大量时间花在实验室里，总是能把事情做完的。

首先就是上周那篇文献的整理。

受病原菌启发 基于alphafold3改造马铃薯蛋白 提高作物抗性

质外体(apoplast)的概念：质外体是指植物细胞膜（质膜）以外的全部连续空间,主要由细胞壁/细胞间隙/死去的导管构成。

质外体在细胞间通讯，以及植物与微生物互做的过程中起到重要作用。

主要内容

植物分泌C14蛋白，正向调控免疫，但是C14蛋白会被晚疫菌抑制，从而削弱植物抗性。

而晚疫菌基因组中有编码和C14同一家族蛋白的基因，作者先做了blast，然后筛选分泌到细胞外的/表达高的蛋白，锁定Pain1，Pain2，并对Pain1，Pain2的序列/结构/进化/催化活性/底物进行简要分析。

接着找到Pain1，Pain2促进感染的证据。
找到Pain1，Pain2不被Epic抑制的证据。

最后基于alphafold3对C14进行改造，找到离底物近的蛋白，替换，文章完。


总结

文章的总体思路简短/清晰，没有绕弯子。
正因如此，能够效仿。

问题一：这是一篇利用alphafold3做研究的实例，我是否能利用alphafold3也做出有价值的研究？

答一：我还在思考，但是光思考不做可不行，做，可是从何开始呢？

问题二：细想难点在于对问题的发现，为什么他能关注到Pain和C14是同源的？

答二：因为关注了细菌的基因组，因为对目标蛋白的了解足够深入，才能提出这样的问题。

亮点

结构生物学知识的应用。

如何选择改造的氨基酸，目标蛋白有哪些aa最为重要。