chromHMM模型使用方法

如何运行chromHMM

见chromHMM步骤

结果解读

除此之外，我们选了一些样本，用来尝试chromHMM的分析，不过由于我们目前cut&tag的数据比较少，能做的分析比较少。

我们只分了5个chromatine state，marker越多，我们能看的chromatine state也就越多。我们目前有的抗体主要是K27ac,这三个，可以初步用来看一下promoter和enhancer，

H3K27ac 是活跃增强子和启动子的标志；
H3K4me2 通常标记启动子或增强子附近的活跃区域；H3K4me3 是强启动子的经典标志。
在我们的5个状态中：
State 1 是 quiescent，也就是静默染色质，信号基本缺失，占据大部分基因组区域；
State 2 表示低活性的调控区域，富集程度较低；
State 3 是活跃增强子，显示出增强子相关的修饰特征；
State 4 是活跃的启动子;
State 5 是 poised 启动子，也就是待激活的启动子。

从注释数据中可以看到，State 4 和 State 5 在 TSS 区域显著富集，进一步验证它们启动子。从结果来看，整个状态的功能划分和修饰标志是高度一致的，说明状态建模是合理的。