hic数据分析

kuteliyafuka2025-07-072025-07-15

Hic上游分析

hic-pro整理

前言：

总体hic-pro是不如nfcore/hic的，无论是使用的简便性/报错的可读性/步骤的深度，都是。因为nfcore/hic本身便是hic-pro同一作者的改进。

但是我暂时依旧使用hic-pro，因为有苏卓杰写的整理qc的脚本。

下载数据

首先，登陆hpc的登陆节点，打开tmux，进入ob的文件夹。

./obsutil share-cp https://e-share.obs-website.cn-north-1.myhuaweicloud.com?token=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 /storage/zhangkaiLab/shared/data/collaborators/Hanjie_Li/data/new_data -ac=176130 -f -r -vmd5

更改路径/网址/密码即可。

之后通过scp命令将文件传至实验室服务器

1	scp -r /storage/zhangkaiLab/shared/data/collaborators/Hanjie_Li/HiC kunpeng@172.16.75.119:/data2/kunpeng/HiC/data/

同样修改路径

运行hic-pro

步骤1:
整理fastq数据，要求每个样本一个文件夹，注意文件命名_R?.fastq.gz

步骤2:
配置config文件，同样修改路径即可。（可能不需要配置了，用之前的就好）

步骤3:
进入hic的conda环境

/data2/kunpeng/HiC/env/HiC-Pro_3.1.0/bin/HiC-Pro -i /data2/kunpeng/HiC/data/HiC/hic1/data -o /data2/kunpeng/HiC/data/HiC/hic1/run/result3 -c /data2/kunpeng/HiC/env/restriction_files/config/config-hicpro.txt

修改input和output路径，运行hic-pro