如何运行chromHMM见chromHMM步骤 结果解读 除此之外，我们选了一些样本，用来尝试chromHMM的分析，不过由于我们目前cut&tag的数据比较少，能做的分析比较少。 我们只分了5个chromatine state，marker越多，我们能看的chromatine state也就越多。我们目前有的抗体主要是K27ac,这三个，可以初步用来看一下promoter和enhancer， H3K27ac 是活跃增强子和启动子的标志；H3K4me2 通常标记启动子或增强子附近的活跃区域；H3K4me3 是强启动子的经典标志。在我们的5个状态中：State 1 是 quiescent，也就是静默染色质，信号基本缺失，占据大部分基因组区域；State 2 表示低活性的调控区域，富集程度较低；State 3 是活跃增强子，显示出增强子相关的修饰特征；State 4 是活跃的启动子;State 5 是 poised 启动子，也就是待激活的启动子。 从注释数据中可以看到，State 4 和 State 5 在 TSS 区域显著富集，进一步验证它们启动子。从结果来看，整个状态的功能划分 ...

Hic上游分析hic-pro整理前言： 总体hic-pro是不如nfcore/hic的，无论是使用的简便性/报错的可读性/步骤的深度，都是。因为nfcore/hic本身便是hic-pro同一作者的改进。 但是我暂时依旧使用hic-pro，因为有苏卓杰写的整理qc的脚本。 下载数据首先，登陆hpc的登陆节点，打开tmux，进入ob的文件夹。 1./obsutil share-cp https://e-share.obs-website.cn-north-1.myhuaweicloud.com?token=cQTPwPGN6seCWf5euiwv4KFDcsSeV65pxwBPH1Iy+B9XF8goRmU+LNNz+aBcggMiS0dZceY8ha8w4FVoI+XxURfrARiZXt66ieqyQTtpVpsQNt3NbnjLDi2L2Yd7nYZTu9QkuZtrXkSBVIdjkXsWBCN5Ijcp4ANtdIqXRyV8yq8u3iu2V2nlw427/JNEn89GFMhN20pkFZfLz+l/W/hVJy7iewjF6TJTWZ ...

如何搭建博客ref:【Hexo博客系列】No.1 搭建Hexo博客，快速简洁高效，零成本搭建个人博客：Hexo + GitHub Pages + Cloudflare Pages 完整指南 | CMLiussss Blog 环境准备：安装Node.js和Git 配置Git和GitHub：设置SSH密钥，创建GitHub仓库 初始化Hexo项目：安装Hexo，创建新博客 部署到GitHub Pages：配置部署设置，推送静态文件 部署到Cloudflare Pages：连接GitHub仓库，自动部署 基本使用方法：创建新文章，本地预览，发布更新 工具介绍npm 是 Node.js 的包管理工具（Node Package Manager），用于安装、管理和分享 JavaScript 编写的库（package）或工具。 Git Bash 是 Windows 上的 Git 命令行工具，同时提供了 Linux 风格的终端操作方式。 hexo常用命令：123hexo cl ; hexo s(clean+server) #hexo二连hexo cl; hexo g;hexo d(clean+ge ...

atac下游分析整理得到所有样本的.Narrowpeak文件后，依次进行peak merge/insertion count，即可得到所有样本peak的矩阵。行为各个peak区域的起始位点在染色体上的坐标，列是各个样本。 注意:下面两个输入路径都是nf-core中atac pipeline的输出结果 peak mergescript: 12345678910Rscript ./createIterativeOverlapPeakSet.R \ --metadata ./file.txt \ --macs2dir /data2/kunpeng/ATAC/integrate_for_heatmap_update/results/bwa/merged_library/macs2/narrow_peak/ \ --outdir ./peak_merging \ --suffix _summits.bed \ --blacklist ./hg38.blacklist.bed \ --genome hg38 \ --spm 0 \ --rule "(n+1)/2 ...

七月早起的晨总是不思考地生活是不行的，之前自己为何不愿整日沉湎于思考中？ 理由嘛，一是琐事缠身，尽是不思考也能做的简单事，不思考也无妨；二是久违地想体验单纯地快乐，不思考、自由玩乐的快乐，过去总为各种各样的事情烦恼，我也想过一段不思考也没关系的生活；三是，孤独，阅读、电影、游戏、动画，这些能富足我精神的又恰恰全是自我封闭的活动，我希望不再由这些故事支撑我的精神，我希望在现实中找到精神的支柱。所以，我刻意去减少自我封闭的活动，去现实中寻找朋友，哪怕是酒肉朋友也无妨，哪怕仅仅是聊天喝酒打牌的关系也无妨，只要是能帮助我面对孤独的现实中的一切都可以。但是，即便如此，孤独仍时常伴随着我，我开始怀疑，这个年纪，“伴侣”是否孤独唯一的解药。我开始渴望伴侣。 嘛，总之回归到以往，把思考当成一种习惯吧，不能让kai失望。 昨天推完了药师线，最近很喜欢八方旅人，甚至可以说是向往，在这份向往的驱使下，我开始了音乐的学习，首先是英式八孔竖笛，之后可能还会接触爱尔兰哨笛和吉他。

睡不着的夜晚睡不着的夜晚就写写博客好了，写博客和夜晚意外得很搭配呢。为什么写博客？我希望记录一些自己的生活以及学到的知识，顺便积攒点睡意。而且能锻炼锻炼思考和交谈的能力，还能分享自己的喜欢的游戏好笼统的回答 最近的生活总觉得自己这个暑假会度过得十分充实呢。无拘无束，好不自在晚上几点睡都行，吃点烧烤、喝着啤酒、在这悠哉游哉地写博客，明明玩游戏也好不过现在没有兴致。每天就算不做科研也很充实，学竖笛、练长跑、打球，想做的事情多到做不完。最近习惯了不思考，无聊的时候打打lol，刷刷手机，刷手机的时间长了，总觉得这样不好，浪费时间不说，隐隐约约觉得自己思考和交谈的能力都在减弱。尽管不思考的日子很快活，但这样并不适合我，还是回归曾经的样子好了。最近的日子怎么过也有头绪，算法要学，rust要学，正好项目不忙，这一次不能半途而废了。竖笛、跑步、打球、之后还有吉他，这些带着练习。忙碌了一天之后就写写博客，挺好，这样自由的日子真是久违了。